O autêntico Historiador não omite os fatos, no tempo oportuno os divulga. E isto está claramente evidenciado nos registros feitos pelos historiadores, cujas sensibilidades foram apuradas, para registrar com exatidão os acontecimentos.
Segundo estes historiadores, as raízes da Reforma Religiosa do seculo XVI, estão na idade média. O clero medieval (Lideres religiosos ), tinham uma forte ligação com a nobreza feudal ( os reis e seus apadrinhados, príncipes e detentores do poder financeiro da época . A liderança da Igreja, em geral, era formada por parentes ou filhos dos senhores feudais, que se afeiçoavam mais a vida material do que a espiritual. Se preocupavam em demasia com o rendimento das terras, com o recebimento dos dízimos com a cobrança dos oficios religiosos, e "outras fontes de rendas." Entre estas outras fontes de rendas, estava o recebimento de valores, bens e outros, advindos da venda de cargos eclesiais: é que alguns membros da nobreza compravam cargos na igreja e se tornavam bispos e abades!!!
Diante deste quadro degradante, no seculo XI, dois pontífices tentaram "reformar" a igreja: Nicolau II, que através de vários decretos, fez com que os papas fossem eleitos pelos cardeais, não pela influência de imperadores, e da nobreza; Gregório VII, que destituiu todos os bispos e abades que haviam comprado seus cargos, e proibiu a investidura dos leigos nos cargos religiosos. Este fato, gerou uma grande inquietação. É que o imperador do Sacro Império, Henrique IV, que se achava no direito de nomear bispos, pois isto lhe permitia "capitar riquezas", foi contrário a esta proposta. Este fato gerou a famosa "Querela das Investiduras." Na verdade o que estava por trás daquela querela, que foi vencida pelo papa, foi uma luta pelo domínio da Europa Ocidental, entre o papado e os imperadores.
No século XI, com a fundação de vários mosteiros na Europa(conventos), foram criados no interior dos mesmos, centros de ensino que contribuíram significativamente para melhorar o nível intelectual e religioso dos monges que antes eram analfabetos e de pouca instrução. No seculo XIV, Tomas de Aquino criou a Filosofia Escolástica, que procurava intelectualizar ainda mais a doutrina religiosa, procurando conciliar a fé com a razão.
Neste período de crescimento intelectual religioso, o misticismo difundiu-se nas camadas populares, e já no seculo XV, floresceram as doutrinas dos Valdenses, de João Huss e Wycliffe, que proclamavam a Bíblia como a unica fonte de verdade; rejeitavam a autoridade de Roma, as tradições da igreja, e os, sacramentos, com excessão do batismo e da eucaristia. E além disso, davam enfase a fraternidade e a pobreza, e também o livre exame das Sagradas Escrituras. Estas Heresias, conforme diziam os católicos, acabaram contribuindo para a invenção da Imprensa, que permitiu maior divulgação da Bíblia, pois dantes, sua leitura, estudo e interpretação, estava somente ao alcance de uns poucos privilegiados "doutores" da igreja. Mas estes movimentos, foram aparentemente derrotados pela igreja, e, pelas tropas dos reis e príncipes. Dizemos aparentemente, pois os mesmos acabaram por contribuir para que a reforma protestante encontrasse força nas camadas populares em algumas localidades.
Por volta do seculos XV e XVI, toda sorte de meios ilícitos de corrupção, promovida pela igreja atingiram o seu ápice. As grandes famílias de mercadores e banqueiros das cidades Italianas, lutavam para conquistar o papado, utilizando-se de todas as armas ao seu alcance: entre elas a sedução, a corrupção... e pasmem até o homicídio!! A igreja passou a comercializar a fé e a salvação com a venda de Indulgências ( A troca de bens ou valores pelo direito ao perdão total ou parcial e consequentemente menor tempo no purgatório, dependendo, do valor pago pelo fiel: quanto maior a quantia, maior o perdão), segundo ensinava a igreja, este pagamento dava ao fiel a garantia de salvação! Alem deste absurdo, a igreja comercializava também, relíquias sagradas e até mesmo "Cargos Eclesiásticos". Não duvidem, mas muitos dos que dantes foram canonizados ou tornados "santos" pela igreja católica, obtiveram os cargos que ocupavam, através de altas transações financeiras, foram usurpadores, corruptos e até assassinos, se incluirmos neste compêndio, os que mais tarde vieram a compor os quadros da Curia, da propalada e famigerada Inquisição. Na época, a coisa estava tão degradante, que até os papas se comportavam mal, pois promoviam guerras, possuíam filhos no anonimato e viviam a apregoar o celibato. Até o papa Leão X, não escapou da tentação. Dizem os historiadores, que para construir a basílica de S. Pedro em Roma, ele negociou na Alemanha com um banqueiro, a venda de indulgências, O que lhe garantiu uma alta soma de dinheiro.
Por estes e outros motivos, o 
papado ficou desmoralizado.
Neste ambiente, em que os problemas da fé católica, se misturavam a problemas econômicos, sociais e políticos, que surgiu a Reforma Protestante.
Vários fatores contribuíram para o desencadeamento da reforma protestante: dentre os inúmeros existentes, podemos destacar:
O Fortalecimento da burguesia, A Formação das monarquias nacionais, O Renascimento Cultural, somado a desmoralização da igreja, em uma época de expansão da fé popular.
Somado a estes fatores, o desvio de capitais para Roma, que contribuía para o enfraquecimento dos tesouros reais, principalmente dos países Europeus, que por este motivo, tinham seu desenvolvimento prejudicado. Muitos reis, como Henrique VIII da Inglaterra, promoveram a Reforma Protestante, para controlar a avidez da igreja por bens e riquezas.
A medida que se desenvolveu uma cultura antropocêntrica, que valorizava o homem, incentivava o espirito crítico, e, através do individualismo, apoiava o livre exame da Bíblia, criou-se então, a base intelectual para a realização da Reforma protestante.
A reforma de Lutero: Monge Agustiniano, Alemão, professor de Teologia, Lutero denunciou o Clero romano pelos seus incontáveis erros. Em 31 de Outubro de 1517, Afixou 95 teses ou condenações na porta da Catedral de Wittemberg, cidade onde morava. Estas teses, combatiam principalmente as indulgências. Essas acusações, causaram um grande alvoroço na igreja, pois atingiam em cheio dogmas importantíssimos da fé católica. A igreja católica, ao negociar o perdão Divino, segundo Lutero, levava as pessoas para a superstição pondo em perigo a verdadeira devoção. Lutero também afirmava, que todos os cristãos são súditos de Deus, iguais entre si e que todos são ministros dele, não havendo necessidade de sacerdotes. De acordo com seu conceito, a única autoridade que os cristãos deveriam seguir, era dos príncipes, pois este poder temporal fora estabelecido por Deus, de acordo com os princípios do Cristianismo. Ver Epístola do Apostolo Paulo aos Romanos 13.1-7.
Ao legitimar o poder dos príncipes e aprovar a tomada das terras da igreja, a Reforma Luterana ganhou apoio dos príncipes e cavalheiros interessados nessas riquezas. Lutero também afirmava que a igreja romana havia feito dos sacramentos um meio de dominar as almas. Por este motivo, Lutero aboliu todos, a exceção de três: O batismo, a comunhão, e, a penitência. Aboliu também o Culto dos Santos e a adoração das imagens, que considerava reminiscência dos cultos pagãos. Segundo Lutero, todos os cristãos poderiam também examinar livremente a Bíblia, porque a alma iluminada pela fé, se tornava capaz de entender as mensagens do Senhor. Ele propunha também a extinção do celibato clerical, respeitava o lucro financeiro, e a hierarquia social, o que batia de frente com as idéias de Thomas de Aquino, que nos fins da Idade Média, instituiu o Preço Justo, limitando o lucro e impedindo o desenvolvimento do comércio e o consequente crescimento econômico das nações.
A Contra Reforma: A igreja católica vendo-se em situação desesperadora diante do avanço significativo do protestantismo, que se estendia por toda parte, criou meios para impedir tal crescimento, surgiu então a Companhia de Jesus, lançada pelo Frei Inácio de Loiola em 1534 em Paris, e confirmada posteriormente no ano de 1540 pelo papa Paulo III. Os Jesuítas que se intitulavam, soldados de Cristo, que eram cegamente obedientes ao papa, tomaram a iniciativa de propor e organizar o Concilio de Trento, que se reuniu em 1545. Antes do tal concílio, o papa havia tomado algumas medidas: restaurou os Tribunais da Inquisição. O Santo Oficio, dominado por dominicanos e com sede em Roma, conteve o avanço protestante com o uso da violência, em Portugal, Espanha e Itália. Em 1543, foi criada a Congregação do Index, para publicar a lista dos livros proibidos aos cristãos. Graças a ação dos Jesuítas, reforçou-se a autoridade do papa e ficou mantida a doutrina tradicional. Ouve a criação de seminários para formar padres, e foi criado um catecismo e um missal.
Inácio de Loyola, fundador da ordem dos jesuítas Companhia de Jesus.
O Concílio de Trento: O concílio de Trento, significou o fim de todo e qualquer liberalismo, derrubando a esperança dos humanistas esclarecidos, que sustentavam idéias esclarecidas e progressistas acerca dos problemas da igreja. Alguns chegaram a propor que a igreja católica adotasse os princípios protestantes, e voltasse a viver a mesma doutrina instituída pelos apóstolos nos primórdios da igreja, como forma de voltar a promover a unidade cristã. Mas esta proposta, esbarrava na autoridade do papa, que se dizia infalível e não queria perder a posição hierárquica de cargo superior na igreja. Então através deste concílio, criou-se uma igreja mais rígida e ainda mais presa as tradições, e suas antigas crenças, negadas com veemência pelo protestantismo. Todos os dogmas foram reafirmados. Dentre eles podemos destacar, a transubstanciação que era a crença na transformação durante a eucaristia do pão e do vinho no corpo e no sangue de Cristo; os sacramentos como meio de salvação das almas; a invocação dos santos e suas representações em imagens; manteve-se o celibato clerical; recuperou-se a importância da Bíblia, mas sua interpretação, só era permitida aos doutores da igreja; e a supremacia e infalibilidade do papa foram mantidas; proibiu-se a venda de indulgências e relíquias sagradas e os cargos religiosos não seriam mais leiloados, também foram criados seminários para a formação de padres, estas duas medidas levaram a uma certa moralização da igreja perante a opinião pública; foi criado o Index, que foi um órgão de censura que fiscalizava o campo das artes, da literatura, da filosofia e das ciências, onde todos os artistas foram colocados sob a supervisão de teólogos e eram obrigados a obedecer suas instruções, sob pena de não o fazendo, terem que prestar contas ao temido tribunal da "Santa Inquisição." Entre os absurdos cometidos, há o exemplo de Galileu Galilei, que procurou demonstrar que a terra girava em torno do sol (teoria do heliocentrismo), e foi perseguido pela inquisição, pois contrariava aquilo que a igreja e seus doutores afirmavam durante toda a Idade Média. Galileu só não foi condenado à morte na fogueira, porque renegou sua teoria, e por ter muitos protetores, no alto escalão eclesiástico, porém foi condenado a prisão domiciliar e proibido de ensinar. Somente dezenas de anos mais tarde, a igreja admitiu seu erro em relação a Galileu. Outros que discordaram dos dogmas católicos, não tiveram a mesma sorte, como o padre Giordano Bruno, que foi um intelectual renascentista que negava a Santíssima Trindade e acreditava no evolucionismo, por este motivo, o mesmo foi queimado na fogueira.
Os católicos se utilizaram de três estratégias para combater o avanço dos protestantes: a primeira era a recuperação das áreas sob influência do protestantismo, através da educação, com a criação de colégios destinados ao ensino primário, para a recuperação das novas gerações; a segunda foi a difusão do catolicismo entre povos não-cristãos, por intermédio da catequese; a terceira estratégia, foi a contenção do protestantismo através dos Tribunais da Inquisição. Julgavam que era necessário conter o crescimento do protestantismo a todo custo, ainda que fosse necessário o uso da força.
A "Santa" Inquisição: o tribunal da Santa Inquisição, tinha por objetivo, o julgamento e a punição das heresias e dos partidários de outras religiões e cultos, que discordavam dos dogmas da fé católica. O tribunal combatia protestantes, judeus, muçulmanos e hereges de uma maneira geral, em nome da ortodoxia. Mas constituíam também, em grande fonte de renda para o papado, e reis da Península Ibérica. Estes últimos utilizavam-se da Inquisição para perseguir seus inimigos políticos. Eles agiam da seguinte forma: O processo da Inquisição era instaurado, mediante denuncias feitas contra um indivíduo, o qual suspeitavam haver cometido "crime contra a fé." Em seguida após a condenação do acusado, era promovida a partilha dos bens do mesmo. O denunciante ficava com uma metade e o tribunal da Inquisição ficava com a outra metade. O processo de Julgamento era horrendo: o acusado era submetido a torturas das mais variadas, além de interrogado pelo tribunal religioso. A pena máxima era a morte na fogueira. Os religiosos entendiam, que queimando o corpo a alma do acusado poderia ser salva. Os condenados a morte eram executados através dos Autos de Fé, que eram realizados em domingos ou dias santos de guarda. Eram verdadeiras sessões de sadismo. Numa brutal procissão, os condenados caminhavam vestidos de branco, com seu crime escrito nas vestes, carregando em suas mãos, as tochas que acenderiam as próprias fogueiras onde seriam queimados, sendo insultados pela multidão de ignorantes da fé, que se divertiam com o sofrimento alheio. É até vergonhoso dizer, que tudo isto era cometido por aqueles que se diziam cristãos e pregadores da verdade. Esses cruéis procedimentos dos carrascos, que em nome de Deus, cometeram terríveis crueldades contra a liberdade de expressão, o livre arbítrio e a dignidade humana, eram minuciosamente descritos nos manuais da Inquisição, que tiveram seus arquivos "parcialmente" abertos no ano de 2OO8 por ordem do então papa da igreja católica.
Quando lemos os livros de História Geral pela primeira vez, ficamos perplexos, pois tudo isto esta registrado e é fato verídico e inegável Esperamos que a Igreja Católica Apostólica Romana, venha como fruto de um verdadeiro arrependimento, abrir a opinião pública, não parcialmente, mas todo o conteúdo dos manuais e segredos, dos Tribunais da Santa Inquisição, para que também possa, após pedir perdão pelos seus atos insanos do passado, receber o total perdão por parte de Deus e da sociedade.
Afinal, a própria Biblia que tanto mencionam diz a seguinte frase:
"O que encobre as suas transgressões nunca prosperará, mas aquele que as confessa e deixa alcançará misericórdia. ( Provérbios 28. 13).
